環氧乙烷滅菌器裝載滅菌物品時，應始終使用裝載籃或架子。不要超載。整理裝載籃里的物品，確保水蒸氣和EtO在物品間流通順利。豎放。擺放包裹，使一個紙塑袋的透明面對著相鄰袋子的不透明面。確保器械不接觸滅菌腔的四壁。

為了加強實用性，將相同通風解析時間的物品進行滿載滅菌。滿載可以是滅菌袋、包裹、硬質容器，或由不同包裝類型組成。滿載的定義是在滅菌單元內，在不阻礙空氣排除、裝載加濕、滅菌因子穿透和解析條件下的裝載數量。

在美國，環境保護總署（EPA）有醫用環氧乙烷滅菌器排放***標準要求，對沒有空氣污染控制設備的醫院要按滿載運行管理，除了醫療需要時。

記錄所有尾氣處理裝置的循環日期和時間，標注任何一次由于醫療需要而沒有進行滿載滅菌的事件。

設備管理員負責確保所有對EtO滅菌器操作或維護的人員都進行操作和安全使用培訓。此外，設備管理員負責確保在滅菌人員日常使用前完成安全性檢查。聯系服務人員進行必需的安全性檢查。

負責管理EtO滅菌器的人應該是能夠勝任器械再處理所有過程的有資質的人員，再處理過程包括：去污、準備、包裝、滅菌、無菌物品存儲和無菌器械發放。

在操作任何滅菌器前，應閱讀并始終遵循制造商操作手冊的程序。重視“警告和注意事項”避免發生人員傷害、滅菌器或醫療器械損壞的不安全操作。